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囚徒困境还适用于我国的环境污染问题。应该说，有些企业很清楚环境污染的危害，也不愿意这么做，但在很多情况下却被迫放弃污染治理。这是为什么呢？我们作个假设，即政府没有严格的管制，那么企业为了追求利润最大化，就必然会以牺牲环境为代价。如果其中一个企业家良心发现，自愿投资治理污染，那么他的生产成本必然增加，从而不得不提高产品价格，最后，在市场上失去竞争力，导致破产。由此，所有的企业最终都会进入纳什均衡状态。
实际上，一直到20世纪90年代中期，我国乡镇企业因为盲目发展而造成严重的环境污染，就属于这种情况。大家都知道，从长远看，这种“纳什均衡”是极为有害的，它必将导致个人、企业，乃至整个国家成为“陷入困境的囚徒”。而在政府加强了污染管制后，企业都投入了成本以有效降低污染，即在治污上采取了合作的姿态，结果是获得了与高污染时期同样的利润，但是环境却得以大大改善。
摆脱企业管理中的困局
企业管理也存在一个类似这样的“囚徒困境”，就是企业对员工管理中的约束制度和激励制度所造成双方“背叛和合作”的问题。有两个部门的员工都想增加工资，管理者就推出了一项“政策”：工资制度奖勤罚懒，如果只有一个部门认为自己贡献大应当加薪，企业就可以考虑；如果两个部门都认为自己贡献大应当加薪，就说明大家的贡献是一样的，工资不仅不能增加反而要减少。

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