由于长期在新疆工作和生活，王恩茂对新疆感情至深。晚年，王恩茂回忆自己在新疆的奋斗经历时曾动情地说，1949年底，他和军长郭鹏率领2军广大指战员，历经千辛万苦，进驻南疆，从1952年起他开始担任新疆党组织的最高领导职务，经历了新疆的民主改革、自治区成立、社会主义改造、发展各项建设事业等各个历史阶段。他认真执行党中央的一系列指示，完成了改造旧政权和起义部队的工作。他牢记毛主席对驻疆人民解放军“要为各族人民多办好事”的教导，带领广大指战员，积极开展社会调查，访贫问苦，发动各族人民投身到减租反霸、土地改革的伟大历史变革之中。同时他带领广大指战员开展生产劳动，开荒种地，努力减轻各族人民负担，想方设法推广农业新技术，恢复和振兴南疆经济，维护社会稳定。他欣喜地看到，几十年后，经过新疆各族人民的努力奋斗，新疆已变成各项建设事业欣欣向荣的社会主义新新疆了。