显微镜是在16世纪后半叶发明的，在此之前，人眼看不到的东西都是“不存在的东西”。细菌、病毒、寄生虫等生物，血液中的白细胞、红细胞，毛细血管等细小的血管，这些看不到的东西，人们完全不知道它们的存在。
英国科学家罗伯特·胡克利用自制的显微镜对昆虫和植物进行了细致的观察，并于1665年出版了《显微制图》一书。胡克称，用显微镜观察软木塞，可以看到无数小孔，就像修道僧居住的单人间。胡克将这些小孔命名为“细胞(cell)”，意为“小房间”。
这是生物学上极其重大的发现。因为后来人们发觉，细胞不是单纯的“房间”，而是构成生物体的最小单位。
列文虎克
后来，一个意外的人物促进了生物学的大发展，他就是荷兰纺织商人安东尼·范·列文虎克。
列文虎克经常用放大镜确认布料的针脚和线。他对镜片兴趣浓厚，自制了500多个镜片，有的镜片甚至可以放大270倍。在用镜片观察水滴的时候，一个惊人的世界呈现在他眼前——充斥着无数肉眼看不到的“微型动物”的世界。
列文虎克还观察了人体。他在显微镜下看到了肉眼看不到的血细胞和精子，在口腔里也发现了那些“微型动物”(后来被称为细菌)。