侃无以对，遂留不去。
峤于是创建行庙，广设坛场，告皇天后土祖宗之灵，亲读祝文，声气激扬，流涕覆面，三军莫能仰视。其日侃督水军向石头，亮、峤等率精勇一万从白石以挑战。时峻劳其将士，因醉，突阵马踬，为侃将所斩，峻弟逸及子硕婴城自固。峤乃立行台，布告天下，凡故吏二千石、台郎御史以下，皆令赴台。于是至者云集。司徒王导因奏峤、侃录尚书，遣间使宣旨，并让不受。贼将匡术以台城来降，为逸所击，求救于峤。江州别驾罗洞曰：“今水暴长，救之不便，不如攻榻杭。
榻杭军若败，术围自解。”峤从之，遂破贼石头军。奋威长史滕含抱天子奔于峤船。时陶侃虽为盟主，而处分规略一出于峤，及贼灭，拜骠骑将军、开府仪同三司，加散骑常侍，封始安郡公，邑三千户。
初，峻党路永、匡术、贾宁中途悉以众归顺，王导将褒显之，峤曰：“术辈首乱，罪莫大焉。晚虽改悟，未足以补前失。全其首领，为幸已过，何可复宠授哉！”导无以夺。
朝议将留辅政，峤以导先帝所任，固辞还藩。复以京邑荒残，资用不给，峤借资蓄，具器用，而后旋于武昌，至牛渚矶，水深不可测，世云其下多怪物，峤遂毁犀角而照之。须臾，见水族覆火，奇形异状，或乘马车著赤衣者。峤其夜梦人谓己曰：“与君幽明道别，何意相照也？”意甚恶之。峤先有齿疾，至是拔之，因中风，至镇未旬而卒，时年四十二。江州士庶闻之，莫不相顾而泣。帝下册书曰：“朕以眇身，纂承洪绪，不能光阐大道，化洽时雍，至乃狂狡滔天，社稷危逼。惟公明鉴特达，识心经远，惧皇纲之不维，忿凶寇之纵暴，唱率群后，五州响应，首启戎行，元恶授馘。王室危而复安，三光幽而复明，功格宇宙，勋著八表。方赖大献以拯区夏，天不慭遗，早世薨殂，朕用痛悼于厥心。夫褒德铭动，先王之明典，今追赠公侍中、大将军、持节、都督、刺史，公如故，赐钱百万，布千匹，谥曰忠武，祠以太牢。”