南部和东部省份居住的是佛兰德人和荷兰人。那里有很多城市，贸易也很发达。新教改革家很早就到了尼德兰，一直向人们传播他们的教义，甚至连一向对新教徒很宽容的查理五世也在尼德兰处死了很多新教徒，因为他在这里可以做一些他在德意志不敢做的事情。
然而，查理五世是在尼德兰长大的人，会说弗拉芒语，他喜欢尼德兰的人民，而腓力二世则是一个彻头彻尾的西班牙人。
腓力二世刚刚当上国王，就坐船去了西班牙，留下他的妹妹玛格丽特统治尼德兰。他也留下了一道命令，要把尼德兰的新教徒彻底铲除。他这么说道：“只要还有一个人相信马丁·路德的教义，我就决不罢休。”
他还派人去执行命令，这些人被称为异端审判官，他们奉命去查明哪些人是新教徒并把确认的新教徒烧死。在西班牙，腓力二世设立了天主教宗教裁判所。宗教裁判所掌握在圣多明我会的教士手中，他们对新教徒决不饶恕。宗教裁判所的恐怖故事很快传遍了整个欧洲，也使得像英格兰这样的新教国家对西班牙的憎恶前所未有。
在尼德兰，不仅是新教徒，就连天主教徒也对腓力二世感到十分愤怒。他们不仅准备为宗教而战，还准备为自由而战。甚至连玛格丽特都让埃格蒙特伯爵去转告腓力二世，说他在统治尼德兰的问题上犯了一个错误，尽管玛格丽特是一个天主教徒而不是新教徒。