魏冯太后内行不正，以李奕之死怨显祖（献文帝），密行鸩毒。夏六月辛未，显祖殂。
胡三省在注释此条时指出：
考异曰：元行冲《后魏国典》云：“太后伏壮士于禁中，太上（献文帝）入谒，遂崩。”按事若如此，安得不彰，而中外恬然不以为怪，又孝文终不之知！按《后魏书》及《北史》皆无杀事。而《天象志》云“显文暴崩”，盖实有鸩毒之祸。今从之。[19]
虽然关于献文帝被杀的方式具有不同的说法，但是对于献文帝的死因各家的看法是一致的，那就是文明太后的谋害。
文明太后获得最终的胜利，在杀害献文帝的当年她第二次临朝听政了。政权来之不易，文明太后认真吸取此前的教训，着手积极发展和组织自己的势力，以利于操纵朝廷，牢牢掌握局面。《冯氏传》记载：
杞道德、王遇、张祐、苻承祖等拔自微阉，岁中而至王公；王叡出入卧内，数年便为宰辅，赏赉财帛以千万亿计，金书铁券，许以不死之诏。李沖虽以器能受任，亦由见宠帷幄，密加锡赉，不可胜数。后性严明，假有宠待，亦无所纵。左右纤介之愆，动加捶楚，多至百余，少亦数十。然性不宿憾，寻亦待之如初，或因此更加富贵。是以人人怀于利欲，至死而不思退。[20]