清廷在收到杨崇伊的奏折之后，即着都察院查明封禁。当天中午，张孝谦得到这个消息，就吓得惊慌失措，一方面立即“嘱速迁”，另一方面派人向李鸿章“献好”，乞求李鸿章手下留情。强学会的另一负责人丁立钧甚至“泣下”，想赶紧将书籍交还同文馆。褚成博、张仲炘等人更是吓得“纷纷逃匿”。只有沈曾植、梁启超、杨锐、汪大燮、王鹏运等人还算冷静，主张具呈力争。
面对清廷查禁强学会的命令，帝党的中坚人物翁同龢仍在设法挽回。他密奏光绪帝说：“教育人才，自强之本，未可阻遏，使天下寒心。”他建议清廷不要盲目地查禁强学会，以免引起许多负面影响。
1月29日，对强学会爱护有加的李鸿藻回到北京。翁同龢迅速往见李，希望李设法劝清廷收回查禁强学会的成命。与此同时，翁同龢还利用此时纷纷议论开学堂的舆论机会，鼓动由御史胡孚宸出面上书，批驳守旧派官僚强加给京师强学会的污蔑不实之词，指出强学会并没有利用学会获取经济上的好处，更没有违反法纪的事情，强调强学会下属的强学书局所藏图书除了列圣之训及各种政书外，更多的则是同文馆及上海制造局所刻西学著作，因此他建议清政府不要彻底查禁强学会，而是采取变通的办法，将强学会改为官书局，“此日多一读书人，即他日多一报国之人，收效似无浅鲜”。他的这一建议既在事实上保住了强学会，也给予弹劾者以足够的面子，未尝不是两全其美的办法。于是清廷下令发还查抄的强学会的图书、仪器等，设立京师官书局，指派孙家鼐负责管理，调集译员选译各国新报及各国史书，继续承担宣传维新变法的功能。